موزۀ تاریخ طبیعی بیرجند در سال بر اساس تصمیم اتخاذشده در سال 1381 در محل باغ شوکتآباد بیرجند راهاندازی شد. برپایی این موزه حاصل مشارکت اداره اوقاف و امور خیریه شهر بیرجند، هیئت امنای عمارت و باغ شوکت آباد بود. موزۀ تاریخ طبیعی بیرجند بعد از موزۀ شهدا دومین موزهای است که با مشارکت دیگر سازمانهای دولتی در این شهر تأسیس میشود. مرمت و سازماندهی عمارتی که امروزه موزه در آن واقع شده از سال 1378 آغاز شد و در سال 1382 به پایان رسید.
این موزه دربردارندۀ بخشهای مختلفی چون موزه علوم، تاریخ طبیعی و سفرهخانۀ سنتی است. 1000 نوع فسیل و بالغ بر 150 گونه از حیوانات و پرندگان تاکسیدرمیشده در این موزه در معرض دید علاقهمندان قرار گرفته است. این جانوارن اکثر متعلق به اقلیم بومی خراسان و نیز کشور هستند. حضور آب و هوای کویری و کوهستانی بهصورت همزمان در استان خراسان جنوبی آن را به بستری مناسب برای زیست بسیاری از گونههای نادر و بااهمیت زیست محیطی بدل کرده است. انواع پرندگان، خزندگان و پستانداران بومی اقلیم کویر و کوهستان در موزۀ تاریخ طبیعی بیرجند به نمایش گذاشته شدهاند.
یکی از ویژگیهای خوب موزۀ تاریخ طبیعی بیرجند این است که خود در دل یکی از بزرگترین و باصفاترین باغهای تاریخی برپا شده است. و دیگر ویژگی جذاب آن قرارگیری در مجاورت مراکز خرید اصلی در شهر است و این به بازدیدکنندگان امکان میدهد تا پس از بازدید برای خرید سوغاتی به مرکز خرید نیز سری بزنند.