در دوران قاجار بنایی در تهران ساخته شد که قصر قاجار نام گرفت. قصری که یکی از قدیمی‌ترین کاخ‌های دوران قاجار است و سرگذشت عجیبی را پشت سر گذاشته است. قصر قاجار در دوران رضا شاه پهلوی تخریب شد و در عوض، یک زندان جای آن را گرفت. سرنوشت عجیب این مجموعه ادامه داشت و اکنون قصر و زندان سابق به باغ موزه قصر تبدیل شده است.
زندان مارکوف یکی از بخش‌های باغ موزه قصر است است که تاریخ ساخت آن به دوران پس از کودتای سال ۱۲۹۹ بازمی‌گردد. رضاخان در آن زمان نیکلا مارکوف روس را مسئول بررسی شرایط و انتخاب مکانی مناسب برای ساخت یک زندان کرد و این معمار روس، قصر قاجار را برای این کار برگزید. در نهایت در سال ۱۳۰۸ رضاخان زندان قصر را افتتاح کرد.
پس از آن سال‌ها گذشت تا این که کودتایی دیگر رخ داد. پس از کودتای ۲۸ مرداد ۱۳۳۲ و آغاز استبداد شدید حکومت پهلوی، زندان قصر به زندانی سیاسی تبدیل شد و حتی چند ساختمان به این بنا اضافه شد. در این دوران ساختمانی مخصوص زندانیان سیاسی نیز ساخته شد. بزرگان زیادی در سال‌های پیش از انقلاب دوران محکومیت خود را در زندان قصر گذراندند که از میان آن‌ها می‌توان به شهید نواب صفوی، آیت‌الله طالقانی، مهدی اخوان ثالث و نجف دریا بندری اشاره کرد.
با گذشت سه دهه از پیروزی انقلاب اسلامی زندان قصر به کار خود پایان داد و در سال ۱۳۹۱ باغ موزه قصر افتتاح شد. باغ موزه قصر از بخش‌های مختلفی تشکیل شده است. موزه‌ی سیاسی یکی از بخش‌های جذاب این باغ موزه است. در این بخش از باغ موزه قصر می‌توان به مرور روایت تاریخ انقلاب و مبارزان انقلاب اسلامی پرداخت.
موزه مارکوف یکی دیگر از بخش‌های زندان قصر است که قسمت‌های مختلفی همچون مرکز اسناد، تصاویر و اشیاء تاریخی، کافه گالری، سالن اجتماعات و گالری را در خود جای داده است.
سالن فرخی یزدی در باغ موزه قصر به منظور برپایی گردهمایی‌ها احداث شده است که رویدادهایی همچون همایش، اجرای موسیقی و تئاتر در آن برگزار می‌شود.
نیایشگاه از دیگر قسمت‌های جالب توجه باغ موزه قصر است که تعدادی از دادگاه‌های اوایل انقلاب اسلامی در آن برگزار می‌شده است.
برج‌های دیده‌بانی و سروستان و باغ ایرانی از دیگر دیدنی‌های مجموعه باغ موزه قصر هستند.
در باغ موزه قصر به خوبی از امکانات صوتی استفاده شده و در بخش‌های مختلف این موزه می‌توان صداهای ضبط‌شده‌ای را شنید که حس و حال زندان در گذشته را به خوبی تداعی می‌کنند. فضاسازی‌ها و چیدمان به کار رفته در این موزه نیز به درک بهتر فضای این زندان کمک زیادی می‌کند.