این بنا در سال 1312 هجری قمری به دستور امیر اسماعیل خان شوکت الملک با هدف برپایی مراسم عزاداری ابا عبدالله الحسین ساخته شد. در سال 1326 ابراهیم خان شوکت الملک برادر کوچک اسماعیل خان کاربری ساختمان را تغییر میدهد و یکی از اولین مدارس آموزش علوم نوین را با الگو گیری از مدرسه دارالفنون در این ساختمان تاسیس می کند و پس از مدرسه عالی دارالفنون ،مدرسه ابتدائی رشدیه تبریز، مدرسه شوکتیه بیرجند سومین مدرسه از نوع مدارس جدید در ايران محسوب مي‌شود .
امیر اسماعیل خان شوکت الملک که فرزندی نداشت یک سوم اموال خود را وقف امور خیریه کرد و تولیت آن را به برادر كوچكش محمد ابراهيم خان واگذار نمود. محمد ابراهيم خان علم معروف به شوكت‌الملك دوم بعد از سفر به تهران و دريافت مقام حكمراني و امارت قاینات در صدد برآمد موقوفه مذکور را در جهت ایجاد فضای آموزشی مصرف کند. شوکت‌الملک تحت تاثیر اقدام امیر کبیردر تاسیس مدرس دارالفنون در صدد بر آمد مدرسه مشابهی را در بیرجند تاسیس کند. او در سال ۱۳۲۵ ه.ق مطابق با۱۲۸۵ ش در محل حسینيه شوکتيه که توسط برادرش در سال (۱۳۱۲ه ق) ساخته شده بود اقدام به تاسيس مدرسه شوکتيه نمود.
محمد امیر خان برای تشویق افراد به تحصیل در این مدرسه براي محصلين بي‌بضاعت و خانواده آنها کمک‌هاي نقدي و جنسي موثري درنظر مي‌گرفت. همچنين آيت‌الله شیخ هادی هادویکه از علمای طراز اول آن زمان بود با اعزام تنها پسر خود به این مدرسه در ذهن و فکر مردم اثری عمیق بر جای گذاشت و کار مدرسه رونق گرفت. اين در حالي بود که پيش از تاسيس مدارس به سبک جديد، تعليم و تربيت به عهده مكتب‌خانه‌ها بود كه افراد روحاني نقش موثري در آنها داشتند مدرسه شوکتیه ابتدا به صورت مدرسه ابتدائی بود که پس از مدتی دبیرستان شوکتیه نيز به آن افزوده شد. حقوق معلمين اين مدارس نيز از بودجه حکومتي سالانه به صورت نقدي و جنسي پرداخت مي‌شد. در سال ۱۳۰۱ش مدرسه نسوان امارت قلعه افتتاح شد و سپس در سال ۱۳۰۳ش در دوره دوم دبیرستان دانش‌آموز پذیرفت. شوکت الملک دوم و همچنین روحانی خوش‌نام محلی شیخ محمد موحد برای تشویق مردم و جذب بیشتر دانش‌آموزان، دختران خود را به این مدارس فرستادند. در سال ۱۳۰۱ به منظور تصریح در دخترانه و پسرانه بودن، مدارس پسرانه به شوکتي و دخترانه به شوکتيه نامگذاري گرديد. همچنين دبيرستان پسرانه شوکتي در سال ۱۳۰۳ش از دبستان جدا شد.
مدرسه شوکتیه به سبک معماری کویری ایران به صورت چهار فصل ساخته شده که از یک فضای مرکزی به‌صورت حیاط و بخشی پيوسته دور تا دور آن تشکيل شده است. حياط بخش عمده‌اي از بنا را دربر مي‌گيرد که با آجر فرش شده است و در ميان آن حوضي قرار گرفته كه در وسط آن سكويي به ارتفاع حدود ۳۰ سانتي‌متر قرار دارد. سردر ورودي بنا با طاق جناقي داراي تزئينات مقرنس مي‌باشد.این بنا تک ایوانی است که ایوانی بلند و باشکوه دارد و از اجزا و عناصر معماري ايراني از قبيل ورودي، هشتی، دهلیزها، ایوان، حجره‌هایاطراف حیاط، شاه‌نشین و حمام تشکیل شده‌است. این بنا دارای دو ورودی است که یکي در ضلع جنوبي و ديگري در ضلع غربي بنا واقع است. بنای مدرسه شوکتیه با بهره‌گیری از حیاط مرکزي به بهترين نتايج از نظر تنظيم عملکرد و فراهم آوردن شرايط محيطي متعادل دست يافته است. در اين بنا يک کلاه فرنگي زيبا در ميان گنبد تالار شوكتيه وجود دارد كه با رسمي‌بندي زيبايي تزئين شده است. همچنين مقرنس‌ها گچ‌بري‌ها و آجركاري‌هايي بسيار زيبا در اين بنا به چشم مي‌خورد.