نام واقف این مدرسه میر علی بیک است که در اواخر دوره صفویه آن را تعمیر کرده و تا پیش از زلزله مورد استفاده طلاب بوده است. معماری این مدرسه در نوع خود کم نظیر است. پشت ایوان ورودی، هشتی واقع شده که در ضلع شرقی هشتی مدرس (محل تدریس) به شکل هشت ضلعی و پوشش گنبدی و در ضلع غربی آن، مسجد (نمازخانه) با تزئینات زیبای مقرنس واقع شده است. ورودی حیاط مدرسه در اضلاع شمال شرقی و شمال غربی هشتی می‌باشد و در مرکز حیاط، گودال باغچه‌ای هشت ضلعی قرار دارد. مدرسه دارای چهار ایوان، و در سه ضلع آن حجره‌های طلاب ساخته شده‌اند.