بزرگترین موزه ی وقفی ایران موزههای آستان قدس رضوی است که در شهر مشهد قرار دارند. این مجموعه براساس آثار وقفی و آثار مورداستفاده در حرم امام رضا شکل گرفته است. تصمیم بنای نخستین موزه ی آستان قدس رضوی در دوره ی نیابت تولیت فتحالله پاکروان عملی شد و طرح و نقشه ی موزه به دست آندره گدار (مدیر کل فنی گروه باستانشناسی فرانسه) ترسیم و عملیات در چهاردهم آذرماه سال ۱۳۱۶ واقع در قطعه زمینی بهمساحت ۵۷۰۰ مترمربع در محل پشت دیوار جنوبی مدرسه ی علینقی میرزا و صحن نو در مشرق مسجد گوهرشاد، کنار مقبره ی شیخ بهایی، کلنگ خورد. این بنا در سه طبقه شامل یک طبقه زیرزمین و دو طبقه فوقانی به زیربنای ۱۰۳۴ مترمربع متشکل از آجر و بتن مسلح در سال ۱۳۲۴ شمسی افتتاح شد. در حال حاضر مجموعه موزههای آستان قدس رضوی شامل چهار ساختمان است؛ مجموعه موزه های حرم شامل موزه فرش، موزه قرآن و نسخ خطی، تالار آثار استاد فرشچیان، موزه ی سماور، سنگاب، ضریح، گنجینه ی تاریخی حرم رضوی، گنجینه ی تمبر، گنجینه ی ساعت، گنجینه ی سفال، گنجینه ی سکه، محراب، موزه ی آبزیان و موزه ی مردم شناسی است که هر یک مجزا معرفی خواهد شد. این موزه به دلیل برخورداری از آثار مذهبی، تاریخی، فرهنگی و هنری از معتبرترین موزههای جهان اسلام است که سه مورد از آنها در صحن کوثر در حرم امام رضا و ساختمان موزه ی مردمشناسی در جوار ضلع غربی حرم قرار دارد .
گنجینه ی قرآن
موزه ی قرآن مشهد اولین موزه ی آستان قدس رضوی در شهر مشهد است که در سال 1324 در صحن امام خمینی احداث شده است. این مجموعه شامل گنجینه ای به شرح زیر است: گنجینه ی قرآن و نفایس که ارزش و اعتبار آنها به صحیفهها و پنج قرآن ارزشمند متعلق به امام علی (ع)، امام حسن (ع)، امام حسین (ع)، امام سجاد (ع) و امام رضا (ع) است.
گنجینه ی هدایای مقام معظم رهبری
بزرگترین اهداکننده ی اشیای موزهای و نسخ خطی به آستان مقدس رضوی رهبر معظم انقلاب اسلامی است. علاقهمندان به جمهوری اسلامی ایران اعم از سران کشورهای خارجی، شخصیتهای برجسته ایرانی و خارجی، هنرمندان و ارادتمندان به رهبر معظم انقلاب اسلامی از دور و اکناف جهان هنر و اشیای قیمتی خود را به معظمٌله هدیه میدهند و ایشان نیز آنها را به ساحت مقدس آقا علی بن موسیالرضا علیهالسلام اهداء کرده است.
گنجینهی فرش و منسوجات
در حال حاضر حدود ۱۰۰ تخته قالی و قالیچه از نفیسترین شاهکارهای هنری از دوره صفویه تا حال در این موزه در معرض نمایش است.
گنجینهی نجوم و ساعت
گنجینه ساعتهای آفتابی موزه ی آستان قدس رضوی شامل ساعت آفتابی استوایی و قطب نما، ساعت آفتابی و تقویم، ساعت آفتابی افقی و عمودی، شاخص مثلثی و قطب نما، ساعت آفتابی با شاخص فلزی و ده ها نوع دیگر از ساعتهای آفتابی در معرض نمایش عموم است.
گنجینهی سلاح و مدال
در گنجینه سلاحهای گرم و سرد هم ابزار و آلات جنگی باستانی به همراه 33 مدال به نمایش گذاشته شده است.
گنجینهی تمبر، اسکناس و مسکوکات
مجموعهای کمنظیر از سکه های مربوط به دوران قبل از اسلام و دورههای اسلامی و مدال های اهدایی شخصیت های علمی و ورزشی جهان چون جهان پهلوان تختی در این گنجینه به نمایش گذاشته شده است.
گنجینهی تاریخ مشهد
آثار موجود در این بخش به دلیل برخورداربودن از جزییات ساخت مانند ذکر تاریخ و نام سازنده و محل ساخت، امتیاز هنری و تاریخی بسیار ارزشمند هستند. اکثر این آثار اهدایی از سوی زائران آستان قدس رضوی است.
گنجینهی صدف و حلزون
گنجینهی آبزیان شامل دو بخش نرم تنان و موجودات دریایی تاکسیدرمی است. ۴۰۰ قطعه صدف و حلزون در بخش نرمتنان و دهها قطعه ماهی مومیایی شده، سفرهماهی، مارماهی، انواع کوسه ماهی، مادر میگو، بچه تمساح، لاکپشت، ستارهی دریایی، مرجان و اسفنج در بخش موجودات تاکسیدرمی شده دریایی وجود دارد.
گنجینهی هنرهای تجسمی و ظروف
گنجینه هنرهای تجسمی و ظروف در طبقه دوم ساختمان موزه مرکزی قرار دارد و آثار نفیس در سبکهای مختلف از هنرمندان برجسته ایرانی و اروپایی از جمله چهار اثر از استاد کمال الملک، نقاش معروف دورهی قاجار به نامهای اشرفالبلاد (بهشهر امروزی)، پل رودخانه تجن، منظرهی روستای پول کجور و رودخانه شیلات فرح آباد مازنداران در معرض دید عموم قرار داده شده است و گنجینه ظروف شامل تعدادی ظروف سفالی، چینی، بارفتن و فلزی است از سفالهای عصر آهن و سیر تاریخی ظهور اسلام و سلسلههای غزنوی، سلجوقی، صفوی و قاجار در این موزه به نمایش در آمده است. بخشی از گنجینهی سفال شامل ظروفی میشود که به مجموعهی موزه ی آستان قدس رضوی اهدا و بخشی دیگر در کاوش های محدوده حرم مطهر یافت شده است.
گنجینهی اثار استاد فرشچیان
علاوه بر آن آثار بسیاری از استاد فرشچیان که به موزهی آستان قدس اهدا شده در گنجینهی آثار وی در معرض نمایش است که از آن جمله میتوان به عصر عاشورا، پناه، نیایش، اولین پیام، کوثر و ضامن اهو اشاره کرد.