موزۀ مردمشناسی کویر نایین یا خانۀ پیرنیا در شهر نایین، استان اصفهان واقع شده است. این بنا از دوران صفوی برجای مانده و در خیابان 25 شهریور، در مقابل مسجد جامع تاریخی شهر نایین واقع شده است. خانۀ پیرنیا پس از سالها به الگوی معماری خانههای تاریخی در کویر تبدیل شده است. این خانه در آغاز محل سکونت حاکم شهر نایین بود. نخستین مالک این بنا فردی به نام قاضی نورالهدی، جد خاندان دکتر حسین فاطمی، بود. میرزا احمدخان پیرنیا، حاکم نایین در دوران قاجار، مالک بعدی این بنای دیدنی شد و به این شکل خانه به خاندان پیرنیا رسید.
موزۀ مردمشناسی کویر نایین در واقع یک مجموعۀ تاریخی است که چندین خانه را دربرمیگیرد. مانند دیگر خانههای تاریخی اواخر صفوی و اوایل قاجار، این بنا نیز دارای هشتی ورودی، ایوان شاهنشسن، اتاق نشیمن، گودال باغچه، باغ و بخشهای دیگری شامل اندرونی و بیرونی و حیات خلوت است. از جمله تزیینات بنای خانۀ پیرنیا میتوان به گچبریهای فاخر و ظریف در شاهنشین و کرسی و اتاقک فوقانی تماشایی آن اشاره کرد. این شکل از گچبری شیوههای مختلف رسمیبندی، کاربندی و یزدیبندی را شامل میشود. گفته میشود که خانه در شکل صفوی خود دارای نقاشی دیواریهای زیبایی از داستانهای عاشقانۀ خسرو و شیرین، یوسف و زلیخا، و نیز صحنههای شکارگاه و مناظر خیالی بوده است. این چشماندازها را اشعار فارسی روی دیوارهای خانه تکمیل میکرد. نقوش گیاهی، هندسی، گل و مرغ و اژدها دیگر نقشمایههایی است که در نقاشی دیواریهای خانۀ پیرنیا به چشم میخورد. حیاط در ارتفاعی پایینتر از سطح خانه قرار داشت و همواره خنک بود.
خانۀ استاد پیرنیا در سال 1349 در اختیار وزارت فرهنگ و هنر قرار گرفت و مرمت شد و در سال 1373 به موزۀ مردمشناسی کویر تغییر کاربری داد. ادارۀ میراث فرهنگی، صنایعدستی و گردشگری نایین در این بنای تاریخی واقع است. در اینجا اشیاء تاریخی یا ماکتهای آنها در کنار وسایل زندگی روزمرۀ مردمان کویر به نمایش درمیآید. پوشاک، وسایل کشاورزی، ادوات نظامی، ظروف فلزی و چوبی، صنایعدستی مانند عبابافی، گلیم، آهنگری سنتی، سفالگری، قالیبافی در کنار سنتها و آداب و رسوم مردمان شهر کهن نایین موضوع این موزۀ دیدنی است.
کوزههای سفالی قدیمی برجای مانده از دوران ایلخانی، کتیبۀ چوبی مسجد باباعبدالله متعلق به دورۀ ایلخانی، زیلویی با قدمت 300-400 سال، از جمله مهمترین اشیائی است که در این موزه نمایش داده میشود.
خانۀ پیرنیا در 29 شهریور 1356 با شماره ثبت 995 در فهرست آثار ملی ایران به ثبت رسید.