موزه ی تاریخ طبیعی اردبیل در حاشیه ی شرقی دریاچه ی شورابیل قرار دارد و گونه های مختلف حیوانی در آن نگهداری می شود و در آن به نمایش زیست بوم های مختلف استان اردبیل و انواع و اقسام جاندران می پردازد. این موزه به سال 1381 در دو طبقه و با مساحتی بالغ بر 4638 متر مربع بازگشایی شد. در طبقه ی دوم موزه ارتفاعات سبلان و دریاچه ی زیبای شورابیل خودنمایی می کند این دریاچه یکی از جاذبه های طبیعی اردبیل است که نتایج مطالعات زمین شناختی نشان می دهد که قدمت این دریاچه قدیمی تر از دریاچه ارومیه است. در این مجموعه علاوه بر گونه های مختلف جانوری از تیپ های مختلف گیاهی و انواع سنگ ها نیز نمایش و نگهداری می شود. موزه ی تاریخ طبیعی اردبیل از بخش های مختلف نمایشگاهی، مطالعاتی و آموزشی، هنری و رفاهی تشکیل شده است. و بخش نمایشگاهی آن به شش بخش آفرینش، دیرین شناسی، زیست بوم دشتی، زیست بوم تالاب، زیست بوم بوستان و آکواریوم تقسیم بندی شده است. بخش اول موزه به بخش دیرینه شناسی و آفرینش شناخته می شود و به نمایش مراحل مختلف زمین شناختی و موقعیت زمین در منظومه شمسی اختصاص داده شده است. بخش دیگر موزه به نمایش گونه های جانوری مختلف که بالغ بر یکصد و بیست گونه است می پردازد این گونه ها به صورت تاکسیدرمی شده نمایش داده می شوند و شامل هشتاد گونه پرنده، بیست گونه پستاندار، دوازده گونه دوزیست و انواع ماهی ها و همچنین هشت گونه جاندار نایاب وحشی است و نحوه ی چیدمان حیوانات و پرندگان به شکلی است که بازنمایی از زندگی حقیقی جانوران در طبیعت باشد. سه نوع زیستگاه که در این بخش نشان داده شده است عبارتند از زیستگاه کوهستانی، زیستگاه دشتی و تالابی که هر سه در استان اردبیل دیده می شود و دو زیستگاه تالاب و دشتی به شکل خوب و عالی در موزه جانمایی شده است. قسمت دیگر موزه شامل آثاری چون جمجمه، شاخ، بال و حشرات مختلف است و همچنین فسیل ها و کانی های متنوع نیز در همین بخش نمایش داده می شود. در همه ی این بخش ها آکواریوم های بزرگی تعبیه شده است که انواع مختلف ماهی و مارهای سمی و غیرسمی در سیزده گروه مختلف نگهداری و نمایش داده می شود. این موزه علاوه بر کاربرد نمایشگاهی یک موسسه آموزشی و تحقیقاتی نیز هست و بخشی از آن به ارائه کتب و مجلات علمی در زمینه ی حیات وحش و محیط زیست اختصاص دارد.
