موزهی قرآن و عترت زاهدان در بنایی که متعلق بهاواخر دوران پهلوی است بنا شده است این ساختمان بهدلایلی چند حائز اهمیت است که مهمترین آن این است که حضرت آیتالله خامنهای در دورهی تبعید یک سالهای که در سال 1356 خورشیدی به این منطقه داشت در این خانه-موزه اسکان کرد. علت تبعید ایشان به ایرانشهر فعالیتها و مبارزات سیاسی برعلیه حکومت شاهنشاهی بوده است هرچند اقامهی نماز جماعت، شرکت در جلسات مذهبی، سخنرانی مذهبی و سیاسی در آن دوران برای او ممنوع شده بود اما بهصورت مخفیانه بهانجام فعالیتهای اجتماعی، مذهبی و سیاسی پرداخت که همین امر باعث چندین بار زندان و تبعید او شد. در ایرانشهر نیز بهعلت نظارت نیروهای امنیتی و ساواک تا مدتها فعالیت وی مختص بهمحافل خصوصی بود این بنا پس از آنکه در سال 1370 توسط مالک آن پرویز فاضلی در اختیار سازمان میراث فرهنگی قرار گرفت یک دورهی چند سالهی مرمت و بازسازی را پشت سر گذاشت و سرانجام پس از آنکه در تاریخ 1386 خورشیدی در فهرست آثار ملی ایران قرار گرفت با عنوان موزهی قرآن و عترت تغییر کاربری داد.
زیربنای این سازه بالغ بر 400 مترمربع است و عمدهی مصالح بهکار رفته در آن خشت و گِل است. این خانه-موزه دارای چهار اتاق است که هر کدام بهوسیلهی یک در چوبی بهحیاط باز میشود و همچنین حیاط آن دارای چهار باغچهی باصفا، یک حوض آبی کوچک در وسط و یک آشپزخانه در ضلع جنوبی آن است. این موزه دارای چهار غرفه یا اتاق است در قسمتی از موزه سعی شده است که حال و هوای زمان تبعید آیتالله خامنهای، حجت-الاسلام راشد یزدی، محمدجواد حجتی کرمانی و سایر تبعیدشدگان نمایش داده شود و در سایر بخشهای موزه بهنمایش و ارائهی نسخ خطی از قرآن کریم، سنگ قبرهای دوران اسلامی، تفسیر کتابهای مختلف، کتب دعا، عکسهای تاریخی و اسناد و نامههای مربوط بهزمان انقلاب ایران پرداخته شده است که از این میان میتوان بهاسنادی از سازمان اطلاعات و امنیت وقت جهت تبعید برخی از افراد سرشناس اشاره کرد.
علاوه بر این تعدادی از سفالینههای دوران اسلامی که بهوسیلهی خطوط کوفی تزیین شدهاند نیز نمایش داده شده است.