خانه مرحوم آیت الله خاتمی مربوط به اواخر دوره قاجار است و در شهرستان اردکان، خیابان آیت‌الله خامنه‌ای، محله چرخاب، پلاک ۹۴ واقع شده است، این خانه با قدمت 150 ساله خود، محل زندگی آیت الله خاتمی و خانواده ایشان بوده است. گردشگران در سفر به شهر یزد، بازدید از خانه آیت الله خاتمی که در شهرستان اردکان واقع شده را نباید از دست بدهند، چرا که این خانه یکی از دیدنی های مهم گردشگری یزد به شمار می‌رود.
این اثر در تاریخ ۱۰ خرداد ۱۳۸۲ با شمارهٔ ثبت ۹۱۱۶ به‌عنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.
خانه آیت الله خاتمی (موزه رجال و مفاخر) در سال ۱۳۸۲ به میراث فرهنگی واگذار و در سال ۱۳۸۳ با کاربری موزه در محله چرخاب اردکان افتتاح شد. درهای اتاق سه دری، حوض باصفا و باغچه کوچک این خانه تاریخی نظر هر بیننده ای را جلب می کند. در محوطه سمت راست خانه آیت الله خاتمی (موزه رجال و مفاخر) سه اتاق کوچک دیده میشود که درهای چوبی دولنگه‌ی آن با سردرِ هلالی و شیشه‌های رنگی جلب توجه می کند، آیت الله خاتمی تا سن 17 سالگی در اردکان و پس از آن برای ادامه تحصیل به اصفهان روانه شد و تا سال 55 ه . ق در آن شهر به کسب علم پرداخت. آیت الله خاتمی پس از بازگشت به اردکان حوزه علمیه را تأسیس کرد که در نهضت انقلاب اسلامی به عنوان رهبری شجاع شناخته شده بود. مردی که سالها امام جمعه اردکان بود سرانجام در سال 1367 پس از یک دوره بیماری، به دیدار حق شتافت.
این خانه تاریخی شامل حیاط مرکزی، تالار، اتاق‌های سه دری، ایوان، یک بادگیر و یک پایاب میشود. در گذشته آب قنات چرخاب از پایاب این خانه گذر می‌کرد. موزه مفاخر اردکان نیز در این خانه برپا شده است که در آن می‌توان از وسایل و آثار آیت الله خاتمی و دیگر مفاخر اردکان و یزد دیدن کرد.
